本件题行稿的主要内容是针对荷兰殖民者撤离我澎湖、窃据台湾以后，澎湖防务亟待加强、外敌侵扰亟待肃清这一重大问题提出的。明朝万历三十二年（1604）六月，荷兰殖民者第一次侵占我澎湖，前后达5个月。天启二年（1622）六月，再次占领澎湖及周围岛屿。天启四年（1624）七月，荷兰殖民者被我军民驱逐出澎湖后，转而窃据了我国领土台湾，并经常出没于我东南沿海一带，对福建等东南沿海地区构成很大威胁，为巩固东南海防，防止外敌进一步入侵，收复澎湖之后的善后工作提到了重要日程。“题行稿”正是在这种背景下出台的。其主要内容包括以下几方面：加强澎湖防守事宜，凡十款；主张广行间谍之计，对倭寇、红夷分而制之；兵部对题行稿的处理意见并请旨“拟合就行”。这件档案对于明朝天启时期有关澎湖善后及东南沿海防务等重大历史问题，都具有重要的研究价值。由于不见收录于《明实录》等史书，因而更加显得弥足珍贵。

此档案是原档残存的前半部分，后半部分现存台湾。《明清史料》乙编第七本第603-607页收录的《兵部题行条陈澎湖善后事宜残稿》与本件档案内容相同、时间吻合、首尾衔接、文风一致，实为一件档案的前后两部分，本为一体，后分而成二。